碳源提供細胞組分或代謝產物種碳素來源的各種營養物質稱為碳源。
提供細胞組分中氮素來源的各種物質稱為氮源。營養元素碳氮的比例關系稱為碳氮比。微生物常用的碳源物質分為有機碳源和無機碳源兩種。有機碳源包括各種糖類、蛋白質、脂肪、有機酸等。無機碳源主要是CO2（CO32－或 HCO-3）。氮源也可分為兩類：有機氮源（如蛋白質、蛋白胨、氨基酸等）和無機氮源（如NH4Cl、NH4NO3等）。
用于污水處理的碳源有甲醛、乙酸、葡萄糖、面粉等簡單有機物，但是這些東西都有相應的缺陷，且價格不低。東莞環潔化工污水處理碳源，小分子碳源用于污水處理，綜合比較理想。