因為微生物具有很好的吸附性和沉降性，很強的降解能力，不需要高溫、高壓等苛刻的要求，相比物理化學方法處理廢水的設備和長期投加的藥劑比較，處理費相對較低。

微生物菌種處理廢水的優勢主要是以下三個方面：

（1）微生物菌種處理廢水經濟消耗包括微生物菌種、微生物菌種生長所需的營養源(碳源、氮源、磷源)和調節廢水PH所需的藥劑；

（2）為微生物提供氧氣來源的曝氣裝置；污水污泥回流裝置，污泥處置裝置等。 對于環境污染來說，微生物處理廢水是將廢水中的污染物最終轉化成二氧化碳、氮氣、水和污泥。二氧化氮、氮氣和水都是無毒無害的，污泥也能夠通過污泥消解轉化為有機肥料，污泥也可以制作建筑材料。充分的表明了微生物處理廢水無二次污染，對環境影響小。

（3）關于處理效果，微生物處理廢水，將廢水中的有機物降解轉化成二氧化碳、氮氣、水和污泥本身以去除有機物；微生物處理廢水，將廢水中的病原體吸附和吞噬等方式以去除病原體；微生物處理廢水，將廢水中的有害物質氧化轉化成無毒位置或吸附到污泥上的方式以去除有害物質；微生物處理廢水，通過吸附、降解和沉降提高水質的透明度和降低色度。篩選出合適的微生物菌種可將廢水中大多數污染物都降解。